Die Hauptaufgabe des Magens ist es, die Nahrung vorübergehend zu speichern, um diese dann gleichmäßig in kleinen Mengen an den Darm zur anschließenden Verdauung weiterzugeben. Wie lange der Speisebrei im Magen bleibt, hängt von der Zusammensetzung der Nahrung ab: Leicht Verdauliches, wie z. B. Obst und Gemüse, bleibt nur etwa 1 bis 2 Stunden, schwer verdauliche, fetthaltige Nahrung verbleibt etwa 5 bis 8 Stunden.
Die Muskelbewegungen des Magens befördern den Speisebrei in den Darm. Durch Magenknurren ist dies manchmal auch hörbar.
Darüber hinaus tötet der niedrige pH-Wert im Magen Krankheitserreger ab. Die Belegzellen im Magen sorgen für einen pH-Wert zwischen 1 im nüchternen Zustand und 2 bis 3 nach Nahrungsaufnahme. Dieser sorgt dafür, dass die meisten Bakterien unschädlich gemacht werden. Damit der Magen sich durch die Säure nicht selbst verdaut, bilden spezielle Zellen eine Schleimschicht, welche die Magenschleimhaut überzieht und vor der Säure schützt.
Die Dehnung des Magengrunds und Proteine in der Nahrung führen zu einer verstärkten Freisetzung von Magensaft.
Der Körper speichert und desinfiziert aber nicht nur im Magen Nahrung, sondern beginnt dort auch mit der Verdauung.